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元数据

主题	XDB大尺度区域生物多样性
项目类型	XDB大尺度区域生物多样性
项目名称	中国西南地区生物多样性的演化历史与格局
(子)课题名称	中国西南山地物种形成机制研究
标题	金鱼藻的基因组数据
作者	刘建全，杨勇志
关键词	芡实基因组,被子植物早期进化
摘要	研究采用三代Nanopore长读长测序数据和二代illumina短读长数据，分别组装出芡实（725.23Mb， Contig N50=4.75 Mb）和金鱼藻（733.26Mb, Contig N50=1.56 Mb）的基因组序列，随后结合Hi-C数据，将基因组提升至染色体级别。评估表明两个基因组显示了高度的连续性，完整性和准确性，并与细胞学研究中获得的染色体数目相匹配随后研究者在芡实基因组中检测到两个多倍化事件，校正进化速率之后，估计芡实基因组中的两个多倍化事件分别发生在大约16-18百万和94-106百万年前（Ma）。在金鱼藻中检测到三个多倍体化事件，估计分别发生在大约13-15 Ma，127-143 Ma和157-177 Ma。并且被子植物的五个主要演化分支，金鱼藻，睡莲类，木兰类，单子叶植物和真双子叶植物中都发生了多个独立的多倍化事件，并且芡实最近还经历了一次基因组加倍。
提交者	刘刚
提交时间	2024/7/5 16:04:56
联系方式	2217786138@qq.com

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引用

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刘建全，杨勇志 (2024). 金鱼藻的基因组数据 . Scientific Data Center, Kunming Institute of Botany, CAS. https://data.iflora.cn/Home/DataContent?data_gd=69f8195e-4ff2-6f15-f4fb-b3824a6cd8ef