中科院战略性先导科技专项(A类)“气候变化对生物多样性的影响与适应策略”

中科院战略性先导科技专项(A类)“生物多样性与生态安全”

生物资源数字化开发应用(202002AA100007)

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元数据
主题 XDB大尺度区域生物多样性
项目类型 XDB大尺度区域生物多样性
项目名称 中国西南地区生物多样性的演化历史与格局
(子)课题名称 中国西南山地物种形成机制研究
标题 WGDI软件开发相关数据
作者 刘建全,孙朋川等
关键词 共线性分析,WGDI
摘要 研究者开发了一种基于动态规划算法的共线性提取,与MCScanX和JCVI比较分析发现,WGDI保留了更多同源基因对,以鉴定更长,更多的共线性区块。WGDI特别适用于识别频繁的多倍化事件(如基于高质量染色体水平的基因组)。WGDI验证多倍化事件可以采用共线性深度,Ks峰值和系统发育树三种方式。并且在建立系统发育树时,可以提取和采用与特定进化事件相关联的所有共线性同源基因,有助于确定受递归多倍化影响的系统发育实际历史.
提交者 刘刚
提交时间 2024/5/10 12:01:08
联系方式 2217786138@qq.com

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孙朋川-基因组分析生信新软件-WGDI电子档案.zip 109.40 MB 1
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刘建全,孙朋川等 (2024). WGDI软件开发相关数据 . Scientific Data Center, Kunming Institute of Botany, CAS. https://data.iflora.cn/Home/DataContent?data_gd=918a6705-ca32-7104-b748-7d78976c9844