中科院战略性先导科技专项(A类)“气候变化对生物多样性的影响与适应策略”

中科院战略性先导科技专项(A类)“生物多样性与生态安全”

生物资源数字化开发应用(202002AA100007)

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元数据
来源 分子生物学数据
标题 竹类植物基因组数据
标题(英) Bamboo genome database
作者 刘云龙,马朋飞
作者(英) Yun-long Liu,Peng-fei Ma
关键词 基因组,基因注释
摘要 中国科学院昆明植物研究所种质库李德铢研究员带领的研究团队获取了四种竹子的全基因组草图,代表竹亚科的主要分支和已知的所有染色体倍性,分别是草本竹类的莪莉竹Olyra latifolia (Ola) 和Raddia guianensis (Rgu)、新热带木本竹类的瓜多竹Guadua angustifolia (Gan),以及旧热带木本竹类芸香竹Bonia amplexicaulis(Bam),其中芸香竹和莪莉竹为高质量的全基因组草图
摘要(英) In this project, we generated draft genomes with Illumina sequencing technology from four bamboo species, Bonia amplexicaulis (Bam,hexaploid), Guadua angustifolia (Gan,tetraploid), Olyra latifolia (Ola,diploid), and Raddia guianensis (Rgu,diploid). O.latifolia and R. guianensis are herbaceous bamboos like grasses while B. amplexicaulis is paleotropical woody bamboo and G. angustifolia is neotropical woody bamboo. The assembled genome sequences are 848 Mb, 1,614 Mb, 646 Mb, and 626 Mb in length for B. amplexicaulis, G. angustifolia, O. latifolia, and R. guianensis, respectively. Genome annotations predict 47,056 protein-coding genes in B. amplexicaulis, 38,575 in G. angustifolia, 36,578 in O. latifolia, and 24,275 in R. guianensis.
提交者 刘云龙
提交时间 2022/5/16 9:03:24
联系方式 liuyunlong@mail.kib.ac.cn

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Guo Z.-H., Ma P.-F., Yang G.-Q., Hu J.-Y., Liu Y.-L., Xia E.-H., Zhong M.-C., Zhao L., Sun G.-L., Xu Y.-X., Zhao Y.-J., Zhang Y.-C., Zhang Y.-X., Zhang X.-M., Zhou M.-Y., Guo Y., Guo C., Liu J.-X., Ye X.-Y., Chen Y.-M., Yang Y., Han B., Lin C.-S., Lu Y., and Li D.-Z. (2019). Genome sequences provide insights into the reticulate origin and unique traits of woody bamboos. Mol. Plant. doi: https://doi.org/10.1016/j.molp.2019.05.009

刘云龙,马朋飞(2022). 竹类植物基因组数据. Scientific Data Center, Kunming Institute of Botany, CAS. https://data.iflora.cn/Home/DataContent?data_gd=9fc4a70b-819b-c3bc-e1e7-bafe466eb9c0